Molekyldynamisk undersökning om peptiders respons på elektriska fält

Abstract

Förmågan att elektroniskt kunna styra bioaktiva peptiders affinitet till receptorer är av intresse inom biomimetik. I avhandligen undersöktes elektriskt laddade peptiders responser på applicerade elektriska fält med molekyldynamiska metoder. De studerade peptiderna har en sekvens aminosyror som är relevant i Notch-signalering [1]. Förändringar i konformationer och sekundärstruktur hos peptiderna vid olikriktade applicerade elektriska fält undersöktes. Detta gjordes för att styrka den teoretiska möjligheten att påverka affiniteten till Notch-receptorn och för att erhålla kvalitativa data för peptidernas responser till elektriska fält. Molekyldynamiska metoder valdes för att kunna observera strukturförändringar från jämvikt utan elektriska fält till jämvikt med applicerade positiva eller negativa elektriska fält. Simuleringar utfördes förutom med olikriktade elektriska fält också med tre peptider med olika aminosyrasekvenser (två med laddning och en utan). Strukturförändringar kunde observeras vid olika elektriska fält med hjälp av analys i medelavvikelse i atomkoordinater, vätebindnigsanalys och analys av peptidändens avstånd från en fixerad punkt. Peptiden utan laddning visade minimal respons på elektriska fält, vilket antydde lovande resultat som kontrollexperiment. Begränsningarna och bristerna i metoden och utförandet diskuterades för att klargöra pålitligheten hos och reproducerbarheten för simuleringarna.